胃肠神经官能症患者除有上腹不适、腹痛、嗳气、恶心、便秘或腹泻等消化不良症状外，且有植物神经不平衡的表现，如心悸、失眠等，特别是症状常随情绪变化而波动，暗示治疗而缓解，提示本症的可能性。进一步胃肠道x线检查，显示整个胃肠道的运动加速，结肠袋加深，张力增强，有时因结肠痉挛，降结肠以下呈线样阴影。结肠镜检结肠粘膜无明显异常。
必须强调指出，诊断胃肠道功能紊乱要十分慎重，在作出诊断之前必须排除器质性疾病尤其是胃肠道的恶性病变。本症的多数患者情绪紧张，就医时述诉繁多，滔滔不绝，有的将症状写在纸上，唯恐遗漏。医生首先应耐心地听取和分析患者的陈述与患者亲友提供的情况，仔细进行体格检查与实验室检查。根据不同情况采取x线、内镜检查、胃液分析与粪便化验等手段。必要时应行超声、ct等检查以排除肝、胆、胰等腹腔脏器病变。对于新近发病的老年患者，尤应进行周到细致的检查，以防漏诊其他严重的器质性疾病。初步诊断为胃肠道功能紊乱之后，还需密切随访，经过较长时间观察才能肯定诊断。
胃肠神经官能症应与各种器质性胃病、器质性肠病及各种内脏病变（肝、胆、胰）等进行鉴别。
神经性呕吐须与慢性胃病、妊娠呕吐、尿毒症等鉴别，还应着重与颅内占位性病变，特别是脑瘤鉴别；神经性厌食须与胃癌、早期妊娠反应、垂体或肾上皮质功能减退鉴别。肠激惹综合征与早期溃疡性结肠炎、克隆病、结肠癌及痢疾等鉴别，还须与甲状腺功能亢进、吸收不良综合征等鉴别。
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