性变态的病因尚不明确，它们包括生物遗传方面、心理学方面、环境和社会等方面因素的影响。性变态患者对于正常的性活动通常没有要求，甚至心怀恐惧，他们的变态性行为常具有强迫性和反复性，他们的自我控制和自我保护能力往往较差，但并非时时发作。在诊断性变态问题上尚缺乏明确、客观的指标，这种指标也往往带有明显的社会文化烙印，并随着历史的变迁而变化。性变态的各种可能的原因有：
一、环境和社会因素
一般来说，反常的变态的性行为是不合理的社会强制和压抑所造成的性心理冲突的后果，所以它也是一种复杂的社会问题。按照弗洛伊德的观点，变态的性行为就是幼儿的性行为。成年后，当性欲受到现实生活环境的限制或个人人格的缺陷而无法正常宣泄时，即会退回到早年固结点，避开自我控制，直接以幼儿性欲的方式表现出来，形成性变态。所以他认为性变态是在成年人生活中持续地表现幼年性欲的成份并以幼年的方式获得满足。
家教是否得当对性变态的形成有着至关重要的影响，父母的言行举止无不对孩子的幼小心灵留下深深的烙印，所以说父母是孩子的性教育启蒙教师。父母的性观念会通过他们的有意或无意的举动而影响到下一代，例如异装症，则是因父母反复安排孩子穿异性服装培养成的一种嗜好，这是一种条件反射性的性变态形成过程。
同性恋的形成与环境因素有着十分密切的关系。有的同性恋者在孩提时期由于某种遭遇，在潜意识中种下异性恐怖的种子，成年后形成一种心理变态，不愿与异性交往。有的同性恋者由于在与异性交往中受挫，感情上对异性产生厌恶之情，同时又受到同性的诱惑而走上歧途，
此外，父母抚养不当也是主要的原因。母亲过度溺爱儿子，把儿子抚养成毫无男子气概的弱者。还有些父母因某种原因把男孩当作女孩抚养，把儿子打扮得花枝招展。日久天长，使儿子形成女性心理，成年后往往对同性发生好感，对异性反倒不感兴趣。再有一些缺乏异性的环境，如远洋航船、修道院和监狱等地方，易发生同性恋。
所以，要预防和治疗同性恋，需要一个好的社会环境，应提倡一般心理卫生原则和道德教育，例如家庭的和谐、儿童的良好教育、异性之间的正常交往和接触、科学的性知识教育等。尽力减少和消除那些致使社会成员产生变态心理及出现变态行为的条件和环境。性变态患者可进行心理咨询，通过心理治疗改善症状。
二、生物遗传学因素
多年来生物遗传方面研究的结果表明，大脑和神经系统中并未能证实有任何特别的化学物质与性变态有关，而激素方面的研究结果始终是矛盾的，无法作出任何结论。专家们正致力寻找遗传基因方面的问题。
三、心理学因素
性心理障碍的患者中常常存在不同程度的人格缺陷。如强迫性人格–刻板固执，又称执拗性人格。办事循规蹈距，墨守陈规，意识保守，缺乏随机应变能力，遇事犹柔寡断不善决断，对自己要求高但缺乏自信，工作负责过于谨慎。这些人容易产生强迫性症状和焦虑、抑郁反应。此外，有些人可能具有分裂型(如窥淫症)、未成熟型或被动型人格(如露阴症)。
幼年和早年性心理发展中的挫折或冲突与成年后的性变态有着心理动力学上的因果关系。按照弗洛伊德的观点，男孩由于爱母亲而把父亲当作情敌而嫉恨，又怕父亲生气会割去他的阴茎而心怀恐惧，当其年龄再大些，男孩将放弃对母亲的爱恋而仿同其父，这样男孩的俄狄浦斯爱恋便得到正常解决。否则，这种爱恋就会凝固并在无意识中形成俄狄浦斯情结，对以后的性格形成严重的不良影响，成为日后性心理变态的根源。
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