1、遗传
遗传因素对孤独症的已趋于，但具体的遗传方式还不，尚确定对于广泛的表现型遗传基因与环境因素各自所产生的程度。
2、围生期因素
产伤、宫内窒息等围生期并发症较对照组多。
3、免疫系统异常
T淋巴细胞数量减少、辅助T细胞和B细胞数量减少、抑制-诱导T细胞缺乏、自然杀伤细胞活性减低等。
4、神经内分泌和神经递质
与多种神经内分泌和神经递质功能失调有关。研究发现孤独症的单胺类神经递质，如5-羟色胺(5-HT)和儿茶酚胺发育不成熟，松果体-丘脑下部-垂体-肾上腺轴异常，导致5-HT、内源性阿片肽增加，促肾上腺皮质激素分泌减少。最新的研究提示脑内阿片肽含量过多与的孤独、情感麻木及难以建立情感有关。
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